Józef Kalinowski urodził się 1 września 1835 r. w Wilnie. Jego ojciec był profesorem matematyki na Uniwersytecie Wileńskim. Po ukończeniu z wyróżnieniem Instytutu Szlacheckiego w Wilnie, Józef podjał studia w Instytucie Agronomicznym. Zrezygnował z nich po dwóch latach. W 1855 r. przeniósł się do Mikołajewskiej Szkoły Inżynierii Wojskowej w Petersburgu, gdzie uzyskał tytuł inżyniera. Jednocześnie wstąpił do wojska. Wtedy właśnie przestał przystępować do sakramentów świętych, do kościoła chodził rzadko, przeżywał rozterki wewnętrzne, a także kłopoty związane ze swoją narodowością. Wciąż jednak stawiał sobie pytanie o sens życia, szukając na nie odpowiedzi w dziełach filozoficznych i teologicznych. Po ukończeniu szkoły został adiunktem matematyki i mechaniki budowlanej oraz awansował do stopnia porucznika. W 1859 r. opuścił Akademię i podjął pracę przy budowie kolei żelaznej Odessa-Kijów-Kursk.

W końcu ze względu na kłopoty ze zdrowiem zdecydował się na wyjazd do Warszawy, gdzie chciał podjąć leczenie i miał nadzieję na znalezienie pracy. Z powodów zdrowotnych otrzymał zwolnienie z wojska w maju 1863 r. Jednocześnie, wspierany modlitwami matki i rodzeństwa, przeżywał nawrócenie religijne, m.in. pod wpływem lektury Wyznań św. Augustyna: nie tylko wrócił do praktyk religijnych, ale przejawiał w nich szczególną gorliwość. Gdy wybuchło powstanie styczniowe, przyłączył się do powstania. W liście do brata pisał: “Nie krwi, której do zbytku przelało się na niwach Polski, ale potu ona potrzebuje”. Po upadku powstania powrócił do Wilna, gdzie 24 marca 1864 r. został aresztowany i osadzony w więzieniu. W wyniku procesu skazano go na karę śmierci. W więzieniu otaczała go atmosfera świętości. Wskutek interwencji krewnych i przyjaciół, a także z obawy, że po śmierci Polacy mogą uważać Józefa Kalinowskiego za męczennika i świętego, władze carskie zamieniły mu wyrok na dziesięcioletnią katorgę na Syberii. Podczas pobytu na Syberii oddziaływał na współtowarzyszy swoją głęboką religijnością, zadziwiał niezwykłą wprost mocą ducha, ujmował cierpliwością i delikatnością, wspierał dobrym słowem i modlitwą, czuwał przy chorych, pocieszał i podtrzymywał nadzieję. Dzielił się z potrzebującymi nie tylko skromnymi dobrami materialnymi, ale również bogactwem duchowym.

Po ciężkich robotach powrócił do kraju w 1874 r. Uzyskał paszport i wyjechał na Zachód jako wychowawca młodego księcia Augusta Czartoryskiego. W lipcu 1877 r, mając już 42 lata, Józef Kalinowski wstąpił do nowicjatu karmelitów w Grazu (Austria), przybierając zakonne imię Rafał od św. Józefa. Po studiach filozoficznych i teologicznych na Węgrzech, złożył śluby zakonne i otrzymał święcenia kapłańskie 15 stycznia 1882 r. W kilka miesięcy później został przeorem klasztoru w Czernej. Urząd ten pełnił przez dziewięć lat. Przyczynił się w znacznej mierze do odnowy Karmelu w Galicji. W 1884 r. został założony z jego inicjatywy klasztor karmelitanek bosych w Przemyślu, cztery lata później we Lwowie, a w 1891r.- klasztor ojców wraz z niższym seminarium w Wadowicach.

Wiele godzin spędzał w konfesjonale. Miał niezwykły dar jednania grzeszników z Bogiem i przywracania spokoju sumienia ludziom dręczonym przez lęk i niepewność. Przeżyty w młodości kryzys wiary ułatwiał mu zrozumienie błądzących i zbuntowanych przeciwko Bogu. Nikogo nie potępiał, ale starał się pomagać. Zmarł 15 listopada 1907 r. w Wadowicach. Jego relikwie spoczywają w kościele karmelitów w Czernej. Za życia i po śmierci cieszył się wielką sławą świętości. Bez reszty oddany Bogu, umiał miłować Go w drugim człowieku. Potrafił zachować szacunek dla człowieka i jego godności nawet tam, gdzie panowała pogarda. Dlatego uważany jest za patrona Sybiraków.

Beatyfikował go św. Jan Paweł Il w 1983 r. podczas Mszy świętej na krakowskich Błoniach; kanonizacji dokonał w Rzymie w roku 1991. Święty Rafał Kalinowski jest patronem oficerów i żołnierzy, orędownikiem w sprawach trudnych.