Filip urodził się we Florencji 21 lipca 1515 r. jako syn Franciszka i Lukrecji Mosciano. Na chrzcie otrzymał imiona Filip Romulus. Był bardzo pociągający w swojej zewnętrznej postaci, jak też w obejściu. Wyróżniał się poczuciem humoru i talentem jednania sobie ludzi. Początkowo nauki pobierał we florenckiej szkole S. Giorgio. Duchowo kształtowali go dominikanie z konwentu San Marco (przez cale życie był wielbicielem Girolamo Savonaroli). Po przedwczesnej śmierci matki i starszego brata, kiedy pogorszyły się znacznie warunki majątkowe ojca, Filip udał się do swojego bezdzietnego stryja w San Germano (dziś miasto Cassino) pod Monte Cassino, by wyręczyć go w zawodzie kupca i odziedziczyć po nim znaczną fortunę. Miat wówczas 17 lat. W czasie pobytu u stryja odwiedzał często opactwo benedyktynów, a jego kierownikiem duchowym był Euzebiusz z Eboli. Przyjąt wówczas za swoją dewizę benedyktynów: Nihil amori Christi praeponere (Nic nie przedkładać ponad miłość do Chrystusa).

Wkrótce Filip zrezygnowat z pomyślnej dla siebie okazji zdobycia zawodu i majątku i udał się do Gaety. Po krótkim pobycie w tym mieście skierował swoje kroki do Rzymu, gdzie miał pozostać do końca swego życia - a więc przez ponad 60 lat (1534-1595). Tam rozpoczął studia filozoficzne i teologiczne. Jednocześnie był wychowawcą dwóch synów w domu zamożnego florentczyka, dzięki czemu miał zapewniony byt. Prowadził życie pełne modlitwy i umartwienia. W wolnym czasie odwiedzał kościoły, sanktuaria i zabytki Wiecznego Miasta. Kiedy w roku 1544 w Zielone Święta znalazł się w katakumbach św. Sebastiana, które były ulubionym miejscem jego wypraw, wpadł w ekstatyczny zachwyt: poczuł, jak tajemnicza ręka wyciąga mu z boku dwa żebra, a jego serce, podobne do ognistej kuli, zdawało się rozsadzać mu pierś. Wkrótce Filip założył towarzystwo religijne pod nazwą "Bractwa Trójcy świętej" mające na celu obsługę pielgrzymów i chorych. Widział bowiem, jak te wielkie rzesze pątników potrzebowały pomocy duchowej, a często i materialnej. Był to rok 1548. Dzięki tej posłudze zyskał sobie miano "Apostoła Rzymu'".

Momentem przełomowym w jego życiu był rok 1551, kiedy to za namową spowiednika przyjął święcenia kapłańskie. Miat już wtedy 36 lat. Jako kapłan został przydzielony do kościoła przy konwikcie św. Hieronima della Carità w centrum Rzymu. Tam właśnie dojrzało wielkie dzieło jego apostolskiego serca, Oratorium. Zrodziło się ono z troski Filipa o poziom wiedzy religijnej penitentów, który w owych czasach był bardzo niski. Początkowo w ciasnym pokoju, potem w kaplicy konwiktu, Filip zaczął gromadzić kapłanów, zakonników, mieszczan, kupców, artystów. Spotkania obejmowały wspólną modlitwę, rozmowy osobiste, spowiedź, czytanie duchowe, konferencje i dyskusje na aktualne tematy oraz rekolekcje. Oratorium było otwarte dla wszystkich ludzi dobrej woli. Filip organizował także koncerty muzyczne oraz nabożeństwa, w czasie których śpiewane były pieśni pochwalne w formie dialogów. Ta forma muzyczna (wokalno-instrumentalna) przyjęła nazwę od miejsca pierwszych wykonań i do dziś znana jest jako oratorium (szczególnym rodzajem oratorium jest pasja).

Z czasem wokół Filipa zebrała się grupa uczniów, którzy chcieli być bliżej Chrystusa. Filip formował ich do zjednoczenia z Bogiem, do życia w cnotach chrześcijańskich i do uczynków miłosierdzia. Na placach Rzymu bawił się z dziećmi, a potem gromadami prowadził je do kościoła. Był to dotąd zupełnie nieznany styl apostołowania i prowadzenia duszpasterstwa. Do Oratorium spieszyła cała elita duchowa Rzymu. Tu właśnie rodziły się plany reform. Do grona przyjaciół Filipa należeli m.in.: św. Kamil de Lellis, św. Feliks z Cantalice, św. Jan Leonardi, Św. Franciszek Salezy, św. lgnacy Loyola i wielu innych.

W roku 1564 florentczycy oddali Filipowi w zarząd swój kościół pw. św. Jana. Tu właśnie pozostali przy nim jego duchowi synowie, zwani potem oratorianami czy też filipinami. Prowadzili życie wspólne, choć nie byli związani żadnymi ślubami. Ta swoboda pozostała do dzisiaj cechą charakterystyczną oratorianów. Filip
umiał swych duchowych synów zainteresować nie tylko sprawami religijnymi i duchowymi, ale także nauką i kulturą. W jego domu odbywały się koncerty muzyczne, prelekcje o sztuce, archeologii i historii. Za datę założenia oratorianów przyjmuje się rok 1565. Papież Grzegorz XII zatwierdził je już w roku 1575. Regułę dla nowego zgromadzenia Filip napisał jednak dopiero w roku 1583, na podstawie wielu lat doświadczenia i praktyki. Nadawała ona poszczególnym kapłanom dużo swobody. Każdy dom jest do dziś niezależny. Dopiero od roku 1942 Stolica Apostolska połączyła wszystkie placówki w jeden, wspólny, ale bardzo luźny organizm. Wkrótce pojawili się przeciwnicy poczynań Filipa. Oskarżyli oni go o to, że sprzyja ,,nowinkom" :niebezpiecznym dla wiary. Doszło do tego, że surowy papież Paweł IV (t1559) zakazał mu przez pewien czas prowadzenia działalności. Kuria Rzymska odebrała mu nawet prawo do spowiadania, co było równoznaczne z karą kościelnej suspensy. Kolejni papieże obdarzyli go jednak ponownie zrozumieniem i odwołali ten zakaz. Filip Neri był doradcą papieży i kierownikiem duchowym wielu dostojników. Zapisał się w histori jako jeden z najbardziej radosnych świętych. Zmarł wyczerpany pracą na rękach swych duchowych synów 26 maja 1595 r. w noc święta Bożego Ciała. Miał wcześniej przepowiedzieć godzinę swojej śmierci. Został pochowany w kościele Santa Maria Chiesa Nuova w Rzymie. Przekonanie o świętości kapłana było tak powszechne, że chociaż w owych czasach zaczęto wprowadzać do procesów kanonizacyjnych coraz surowsze wymagania, beatyfikacja Filipa odbyła się już 15 lat po jego śmierci. Dokonał jej 11 maja 1610 r. papież Paweł V. W dwanaście lat później papież Grzegorz XV dokonał jego kanonizacji (12 marca 1622 r.).